Crysis 3, Crysis 2'den 24 yıl sonrasında yani 2047 yılında ve bir kez daha New York şehrinde geçiyor. İkinci oyunda gerçekleşen büyük savaşın ardından Prophet, Crynet tarafından hapse atılır ve Cephler (uzaylılar) tarafından dünya üzerinde o ana kadar görülmemiş en büyük işgal gerçekleştirilir. Ayrıca New York, Crysis 2'nin sonundaki büyük patlamadan sonra sular altında kalır ve şehir ormanımsı bir hal alır. Bu olaylardan sonra şehrin bir kısmı Cell Corporation tarafından Nanodome adı verilen dev bir fanusun içine alınır. Nanodome içerisindeki alana ise "New York City Liberty Dome" adı verilir. Cell Corporation bu fanusun amacının karantina bölgesi oluşturmak ve insanları uzaylılardan korumak olduğunu söylese de, Prophet, Cell Corporation'ın Nanodome içerisinde dünyayı ele geçirmek için teknoloji geliştirdiğini öngörür. Crysis 3'te ana karakter Prophet olacak. Prophet bu defa intikam için savaşacak.